Débuter avec Quarto dans R Studio
Rédiger un document sans code R
Préambule
Ce support est un site fait avec Quarto dans RStudio. Il contient une présentation, des documents texte (mis en forme), des images, et des liens, des références bibliographiques.
Pour commencer, il est recommandé de créer un projet R dans RStudio via le menu New Project dans un répertoire dédié. Le projet sera enregistré avec l’extension .proj et le fichier quarto avec l’extension .qmd. Tous les éléments utiles seront placés dans ce dossier et rangés dans des sous dossiers dédiés Donnees, Images, Base bibliographique …
Créer un Pas à Pas sous forme de document avec Quarto
Puis créer un nouveau fichier New File et de sélectionner Quarto Document.
Une fenêtre permet de paramétrer le document généré : titre, auteur(s), format.
R Studio génère un document modèle à adapter.
On compile le document Quarto avec le bouton 
.
Le fichier HTML est sauvegardé dans le répertoire de travail du projet et peut être affiché dans un navigateur web (sans connexion internet).
Le YAML
C’est l’en-tête du fichier Quarto ; celle-ci est encadrée par 2 séries de tirets ---. Par défaut elle contient le titre du document et son format de sortie.
C’est là qu’on ajoute les options permettant de générer une table des matières, des références bibliographiques qui affecteront l’ensemble du document.
Pour inclure les feuilles de style ou les images dans le document, il faut ajouter l’option self-contains: true dans le Yaml.
L’option toc permet de générer le sommaire de la page. Ici on affiche les titres de niveau 1 à 3.
Les 2 modes d’édition
- Le mode Visual
Permet de s’aider de menus pour mettre en forme les textes ou insérer des éléments. Il est utile pour débuter avec le langage markdown et générer des “modèles” de syntaxe.
- Le mode Source
Nécessite de connaître les éléments de syntaxe markdown pour effectuer les opérations de mise en forme décrites dans la partie suivante.
Intervenir sur le corps de texte
C’est dans cette partie qu’on va ajouter du texte (commentaires, précisions…), des images, des liens hypertexte, des tableaux, de références bibliogrpahiques, des chunks….
Les balises de la syntaxe Markdown qui permettent de gérer sa mise en forme des textes sont simples :
Les niveaux de Titres
Indiqués par des # dont le nombre définit le niveau du titre.
# Titre de niveau 1,## Titre de niveau 2,### Titre de niveau 3,- …
Ajouter des #### après le titre permet de générer automatiquement le sommaire (table of contents) du document (alternative à l’option du yaml).
Modifier le Style
Le nombre de * encadrant le texte permet de modifier son style :
*Texte en Italiques*= Texte en Italiques**Texte en Gras**= Texte en Gras~~Texte Barré~~=Texte Barré- …
Citer des noms de fonctions ou packages
Les textes doivent être entourés de guillemets obliques: ``` (Raccourci clavier Windows : AltGr + 7).
Par exemple : str = ``str\.
Ecrire des listes
Liste à puces
On utilise des indentations
- premier élément
- premier niveau de sous-liste
- deuxieme élément
- wbxb
- fdsfhbfgg
- ...
Donnera
- premier élément
- premier niveau de sous-liste
- premier niveau de sous-liste
- deuxieme élément
- wbxb
- fdsfhbfgg
- wbxb
- …
Finir une ligne par un double-espace permet de faire un saut de ligne. Il peut être utile de finir votre puce par un double-espace pour bien indiquer qu’on passe à la puce suivante.
Liste à éléments numérotés
- premier élément
- deuxième élément
- …
Ajouter des liens hypertexte
Mettre le texte à afficher entre crochets puis le lien entre parenthèses.
Par exemple, pour indiquer le lien vers un site :
[Fiches pédagogiques du service](https://stat.pages.ined.fr/support/assistoolsms/)
Donnera :
Fiches pédagogiques du service
Insérer des éléments
On peut utiliser le mode visual et choisir l’élément à ajouter via le menu.
On accède aux options pour améliorer le rendu de chaque élément avec le bouton 
.
On peut ajouter chacun de ces éléments en utilisant la syntaxe Markdown via le mode Source.
Un tableau
Les | indiquent les colonnes et les - la délimitation entre la ligne des noms de colonnes et le reste du tableau.
Si par exemple on veut créer un tableau de 3 colonnes, un entête de ligne et 3 lignes on écrit :
| col1 | col2 | col3 | |------|------|------| | a | 1 | za | | b | 2 | ze | | c | 3 | zr |
Donnera =>
| col1 | col2 | col3 |
|---|---|---|
| a | 1 | za |
| b | 2 | ze |
| c | 3 | zr |
Pour générer des tableaux de manière interactive et récupérer le code, on peut utiliser Markdown tables generator.
Une image
Pour ajouter des images dans le document placées (de préférence) dans un dossier dédié (Images, par exemple) et les insérer dans le document avec la syntaxe :
Par exemple :
{fig-align="left" width="50%"}
Donnera
On y ajoute les options {fig-align="left" width="50%"} pour que l’image soit alignée sur la gauche et réduite de moitié par rapport à sa taille initiale.
Une équation
Nécessite de rédiger la formule en Latex.
Pour écrire son équation dans une ligne dédiée, entourer la formule de deux dollars.
par exemple $$y = ax + b$$
Donnera :
\[y = ax + b\]
Pour écrire la formule dans du texte, utiliser uniquement un dollar de chaque côté : $y = ax + b$
Des notes de bas de page
On ajoute des notes de bas de page courtes (chiffre ou lettre)1 ou longues (paragraphe)[^toto] dans le document généré.
Note de bas de page courte : On écrit
[^i]à l’endroit d’insertion oùipeut être n’importe quel texte ou nombre (sans espace). On peut mettre plusieurs points d’insertion dans une note.Note de bas de page longue : On écrit
[^contenu]et les paragraphes suivants sont indentés, pour indiquer qu’ils appartiennent à la note. Penser à faire une double indéntation devant les paragraphes conposant la note de bas de page.
Par exemple :
Ceci est un texte qui se réfère à la note suivante[^1] [^1]: Ceci est une note de bas de page.
Donnera :
Ceci est un texte qui se réfère à la note suivante2
Insérer des citations et une bibliographie
Dans notre cas, les références bibliographiques sont stockées dans fichier au format bibTex (d’extension.bib, importé d’un logiciel dédié) placé dans le projet R. Ce fichier est aussi indiqué dans le yaml.
Les citations sont appelées grâce à la balise @. Il est possible d’appeler une citation de différentes manières :
[@aciter1]pour citer une référence,[@aciter1 ; @aciter2]pour en citer plusieurs@aciter
Par exemple :
Si vous ne trouvez pas ce qui vous convient sur le web, vous pouvez acheter ces livres : [@Guide ; @ModernData].
Donnera :
Si vous ne trouvez pas ce qui vous convient sur le web, vous pouvez acheter ces livres (Xie 2018; Benjamin S. Baumer 2021).
La bibliographie ci-dessous est générée à la fin du document.
Pour aller plus loin ou se connecter directement à Zotero ou tout autre base de donnée biblographique, le mode Visual est aussi pratique pour commencer.
Naviguer dans le document
On peut créer une table de matière dynamique en cliquant sur l’icône Outline 
en haut à droite de la barre d’outils du document.
Cette table est très utile pour vérifier les niveaux des titres du document.
Pour générer des documents au format PDF il faut avoir installé LaTeX (ou des packages dédiés). Alternative : Imprimer le document en .pdf, ce qui génère un fichier pdf.